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公司注册代办本身不违法，但如果在代办过程中出现违反法律的行为，如提供虚假材料、隐瞒重要事实等，就会涉及到违法行为。处理这种情况需要根据具体情况采取相应的法律措施。
如果怀疑公司注册代办存在违法行为，可以采取以下步骤处理：
1、收集证据：收集相关证据，如代办合同、相关文件、交易记录等，以备后续使用。
2、咨询专业人士：咨询律师或相关机构的专业人士，了解是否存在违法行为以及相应的法律后果。
3、举报违法行为：如果确实存在违法行为，可以向相关监管部门或执法机构进行举报，让其对违法行为进行调查和处理。
4、维权：如果因为代办公司的违法行为受到了损失，可以通过法律途径维护自己的合法权益，例如向法院提起诉讼。
需要注意的是，在选择公司注册代办服务时，应该选择正规、有信誉的代理机构，并与其签订正式的合同，明确双方的权利和义务，以减少风险，如果出现任何疑问或问题，应该及时与代办机构沟通并解决。
仅供参考，如有任何疑问，请咨询法律专业人士或专业机构。